Il grido di allarme lanciato da Mulder e Scully volto ad informare i vertici dell'FBI dell'esistenza di un progetto finalizzato alla colonizzazione del pianeta da parte degli alieni, non trova ascolto. La sezione X-Files viene affidata a Jeffrey Spender e Diana Fowley. Il ritorno di Cassandra Spender, lo sterminio del Governo Ombra ad opera dei ribelli alieni sono il preludio alla riassegnazione di Fox e Dana agli X-Files. Un manufatto extraterrestre, trovato sulle coste africane, potrebbe essere la chaive delle origini della vita sulla terra, ma al tempo stesso rappresenta una minaccia per la vita di Mulder.